游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路........

以决斗守护新童实野市的不动游星被为了毁灭世界而从未来世界来的神秘男子·帕拉多克斯夺走作为自己王牌怪兽的星尘龙。 游星进行时间旅行，来到能使用卡片精灵力量的游城十代那里。游星在此得知事件的真相。那真相究竟是