该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体,并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事.他们住在纽约曼哈顿的下水道,夜间出动,打击街头犯罪,邪恶势力和外星入侵,同时他们始终和外界社会保持距离.

在纽约市的下水道之中住着四只忍者龟。当它们认识了一名正义的电视记者之后，便帮助他四出打击犯罪，成为城市英雄。