成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰…

宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。　　A.G.（Advanced Generation）101年　　突如其来的不明敌人攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲…

2071年的万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人惊叹的犯罪。高速公路上一辆油罐车爆炸了。事故发生现场的人们因不明原因病倒，死伤人数超过400人。这样大规模的杀人事件，似乎是不明来源的生物武器所为。为此，火星政府发布了3亿圆…

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家…

光之美少女在参加乐园举办的礼服舞会时，发现可可与果果消失不见，并遭受一对兄弟攻击经询问后，原来兄弟俩被坏人利用，所居住的“镜之国”被“镜影”所掌控。光之美少女因而勇闯镜之国，与镜影、暗之美少女们决战镜之国。

在距离现代不久的未来，由於科技的进步，人类赖以代步的汽车早已完全被电动车所取代，每部车辆皆强制配备AI（人工智慧）自动驾驶的功能，配合著都市电脑交通管制系统，车祸事故与交通混乱的现象似乎都不再发生了……。某日，某辆人工智慧…