年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二…

在富有表现力的旋律中，这对兄弟辩论上帝的真实信息和创造他的意图，一场冲突导致他们的追随者——在精心编排的歌舞中——走向混乱和罪恶。