本剧是叙述南北朝时代分裂为两个皇朝的战乱故事。吉川英治的原作原本是描述镰仓时代、足利尊氏举兵到镰仓幕府灭亡、建武新政、南北朝动乱，最后写到尊氏之死。但是在本剧后半有关『观应扰乱』等故事，则是吉川原作没有的创作。

有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文…

哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的…