故事围绕原创角色——青年托雷纳·阿兰和其搭档喷火龙展开。“将百万进化进行到底，打倒所有的百万进化小精灵，站上最强之巅”，这就是阿兰踏上旅途的目的。一路上，他不断地与实现了百万进化的小精灵们战斗，后来他遇见了四天王海堂……

击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生…

讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。