故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团…

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产…

　　萌学园第五季又译《萌学园之异界对决》，是电视剧萌学园系列的第五部作品，萌学园第五季全集讲述的是萌骑士团与?黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却发现萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园。萌学园第五季全集海…