本片是1987年《捉鬼小精灵》的续集。故事发生在加利福尼亚的月亮湾，那里吸血鬼横行泛滥。主人公克里斯和妹妹妮可的父母在一场车祸中丧生，其后他们被性格古怪的姑妈收养，一家人搬到了月亮湾小镇。在那里，妮可无意中喝了一个吸血鬼的血…

当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须…

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出…

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩…

　卡萨达的年轻男女正准备开一场血月纵欢派对，但吸血鬼魔王却打算把他们全部变成活死人。唯一可以阻挡他行动的就是著名的佛罗格兄弟，艾格和亚伦这两兄弟带着两桶圣水和驱魔十字弓，加入高校生对抗吸血鬼的行列。

小智与皮卡丘新的冒险开始了！ 新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？ 新的精灵宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！ …