故事围绕原创角色——青年托雷纳·阿兰和其搭档喷火龙展开。“将百万进化进行到底，打倒所有的百万进化小精灵，站上最强之巅”，这就是阿兰踏上旅途的目的。一路上，他不断地与实现了百万进化的小精灵们战斗，后来他遇见了四天王海堂……

新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入神奇宝贝球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。在旅途…

蓝妹妹（黛米·洛瓦托 Demi Lovato 配音）发现了一张遗落的地图，由此引发精灵们对于神秘村庄真实性的猜想。于是，满怀好奇心的蓝妹妹与聪聪（丹尼·朴迪 Danny Pudi 配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔 Jack McBrayer 配音）、健…

许多孩子都知道了玩具店里的秘密，但是大人们仍然被蒙在鼓里。不断有小朋友来到玩具店，小精灵们欢迎孩子们的到来，热心地满足孩子们的各种愿望和梦想，帮助孩子解决在成长中遇到的小麻烦、小问题。在这个过程中，小精灵们自己也有很多收…

述踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小刚等，路途上遇见楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇，在那里将举办口袋妖怪华丽大赛。然而，最近在白杨镇出现一个来历不明的口袋妖怪，他会让人与口袋妖怪昏厥并产生…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智，小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

在这世界反面存在着的,像镜子一样的不可思议的世界……「反转世界」.那里是只有基拉帝纳居住的特殊空间.以那反转世界为舞台,迪亚鲁加和基拉帝纳展开了激烈的战斗! 为什么两只小精灵会战斗起来…….反转世界惊人的秘密究竟是!? 在持续旅行…

达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽…