2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅与生化人草薙素子在真室中佐…

正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子突然接到巴特的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘…

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子召集巴特、陀古萨等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。…

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草…

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以超新星为代表的众多海贼纷纷现身世界最大的海贼庆典——海贼万博会。草帽一伙也收到了主办者费斯塔的邀请函，搭乘万里阳光号前往。原以为海贼们的狂热万博会只是为争夺“海贼王哥尔·D·罗杰留下的宝藏”，就在神秘宝藏争夺战如火如荼…

曾经被称为纽约的城市，仅仅一晚便消失无踪。出现在那里的城市“赫尔沙雷姆兹·罗特”。在浓雾的另一侧展开，连结“异世界”与现世的这一地区，变化成了各怀心思的人们所跋扈的“地球上最危险的城市”。为了保护这座混沌之城的均衡，持续…

故事四位主角健慕勒、森口和人、麻生華奈及桑未來是一群據有AI超能力的少年戰鬥員，他們所駕駛的Run=Dim 機器人在正邪兩方衝徒的關鍵時刻，肩負起捍衛地球的神聖使命。然而在整個訓練與戰鬥的過程中，歷經了種種的考驗與挫折，也突破了彼…