剧场版《FLCL Alternative》由Production I.G与GAINAX共同负责制作的动画剧场版。.

故事讲述过着平凡生活的少女夜之森小红在其16岁生日时，遇到了自称是其婚约者的少年三峰白夜、以及白夜的妹妹三峰真白，并且要和他们二人开始一同生活。加上不但是妹控还是变态的小红的姐姐夜之红绪，是一部描写他们的奇妙同居生活的恋爱…