故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天…

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。但，唯有比丘兽即使进…

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。…

喜好Cosplayer，黑魔术代理店兼灵异能力者，爱耍花招但却激萌的nico动画系的占卜师，超级眼镜系的自称超能力者灵异系同人漫画家的大姐姐，憧憬着成为某动画角色的御宅族，感觉不好的大叫的夸大妄想者，将科学无法说明的东西全部否定的超…

长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格的接班人。 沢田纲吉外…

世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一…

世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他…