某天，一个都市消灭了——独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念…

2016年，日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次被确认以来已经过数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的事实是，被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决…