神谕局特工高云龙（阮颂扬饰）受命进入明朝，在寻找此前已去的好友曹小妹（陈嘉桓饰）的同时追查时空扰乱的组织阴谋，同时帮助，从而陷入东林书院与东厂的纷争，东林书院成员接二连三遭到谋杀，然而对凶手的查找却毫无线索，书院大哥叶敬…