上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，…

威利斯饰演的私家侦探史蒂夫的宠物狗被掳走，自此他的工作和生活成了一团乱麻，为救出爱犬巴迪，史蒂夫与杰森·莫玛饰演的黑帮头子斯派德达成神秘协议。